"Primer jeneralize epilepsi" denilen, beyinde odak mevcut olmayan, bir kısmının ailesel olduğu gösterilebilen epilepsilere ve ayrıca "çocukluk yaş grubunun iyi huylu parsiyel başlangıçlı nöbetli" epilepsi hastalarına kesinlikle uygulanmaz. Ayrıca hastanın ilerleyici bir hastalığı olması epilepsi cerrahisi yararlarını kısıtlayabilir. Ciddi medikal problemi olan hastalarda epilepsi cerrahisinin yarar ve zararları göz önüne alınarak karar verilir. Zeka düzeyi düşük (IQ<70) hastalara rezektiv cerrahi yapılıp yapılmaması tartışılmalıdır, çünkü bu hastaların sıklıkla yaygın anormallikleri bulunur ve cerrahi sonuç başarısız kalır. Cerrahi öncesi incelemelerde hasta ile yeterli işbirliği kurulamıyorsa cerrahi düşünceden vazgeçilir. Nöbetlere bağlı olmaksızın aktif, kronik psikozu olan hastalar için nadiren cerrahi kararı alınır.
Cerrahi planlanan hastaların çoğunluğunda noninvaziv denilen Evre 1 incelemelerden sonra cerrahiye karar verilebilir. Bu incelemeler hastanın nöbet öyküsünü, fizik ve nörolojik muayenelerini, radyolojik görüntüleme incelemelerini, nöropsikolojik testlerini, psikiyatrik muayenesini ve uzun süreli video/EEG monitorizasyonunu içerir. Cerrahi öncesi Evre 1 incelemenin en önemli kısmını saçlı deriye elektrod yerleştirilerek yapılan uzun süreli video/EEG monitorizasyonu oluşturur. Hasta yatırılarak tipik nöbetlerinden en az 3 veya daha fazlası gözlenene kadar monitorizasyona kesintisiz devam edilir. Nöbet öncesi ve nöbet sırasında hastanın görüntüsü ve eş zamanlı EEG'si kaydedilir. Nöbetlerini görmek amacıyla hastanın ilaçları sıklıkla azaltılır veya gerekirse tamamen kesilir. Uyku ve uyanıklık sırasında nöbet öncesi ve nöbet sırasındaki EEG değişiklikleri defalarca incelenerek nöbet başlangıç odağı veya alanı araştırılır. Evre 1 incelemeleri sonucu tüm testler birbirleri ile uyumlu ise ve nöbet odağı olarak beynin tek bir yerinde ve alındığında cerrahi sonrasında hastada önemli bir bilişsel fonksiyon kaybına neden olmayacaksa cerrahiye karar verilir.
Az bir hasta grubunda Evre 1 incelemeleri nöbet odağını saptamada yeterli olmayabilir veya nöbet odağının lisan, motor, duyu gibi beynin önemli fonksiyon alanları ile ilişkisini saptamak gerekiyorsa "invaziv incelemeler" denilen daha ileri incelemelere geçilir. İleri incelemeler yanlızca Evre 1 incelemeleri sonucunda nöbetlerinin halen tek odaktan kaynaklandığı düşünülen hastalarda uygulanır.
Rezektiv cerrahinin başarısı hasta seçimine, epilepsi tipine, epilepsi odağının yerine ve cerrahi öncesi yapılan araştırmalara bağlıdır. Hasta operasyondan sonra da 1-2 yıl ilaç kullanır. Artık nöbet gelmiyorsa ilaçlar yavaş yavaş azaltılır ve kesilir.
Epilepsi odağını oluşturan anormallik EEG ile birlikte bir damar anormalliği, iyi huylu bir kitle ve benzeri bir yapı ise cerrahi başarısı oldukca yüksektir. Ama yalnızca EEG kriterlerine göre ameliyat olacaksa temporal bölgelerden (yani beynin yan ve iç kısımlardan) başlayan nöbetlerde cerrahi başarı çok yüksektir. Beynin ön kısımlarından (frontal) veya arka kısımlarından başlayan epilepsilerde nöbet başlangıç yerini saptamak zor olduğundan başarısı da düşüktür (% 50 veya daha aşağı).
Palyatif (Fonksiyonel ) epilepsi cerrahisi ise rezektiv cerrahi uygulanamayan hastalarda nöbet yayılım yollarının kesilmesi, böylece epileptik odağı geri kalan beyin kısımlarından izole ederek nöbet yayılımını önlemek için yapılır. Tedaviye dirençli sekonder jeneralize nöbetlerde, atonik nöbet denilen ani düşme ataklarıyla seyreden nöbetler için uygulanır.
Vagal sinir uyarımı
Son yıllarda geliştirilen ve halk arasında "pil" tedavisi olarak bilinen "vagal sinir stimulasyonu" da fonksiyonel bir cerrahi yöntemdir. Boynun sol tarafında vagus denilen bir sinirin devamlı ya da gerektiğinde uyarılması şeklinde bir yöntemdir. Küçük bir operasyonla boyundaki sinire iki kablo ve sol göğüsün üst bölgesine uyarıcı cihaz yerleştirilir. Hasta nöbet olacağını hissettiği zaman özel bir mıknatısı uyarıcı cihaz üzerine yaklaştırarak uyarımı başlatır ve nöbeti önleyebilir. Etki mekanizması tam bilinmemektedir. Uygulanması kolay ama pahalı bir yöntemdir. Diğer fonksiyonel cerrahilerde olduğu gibi nöbet sıklık ve şiddetini azaltmak için kullanılır.
